كان المركز عند تأسيسه، في أيار من العام 1996، تابعًا لوزارة الثقافـة الفلسـطينيّة، وبعد عاميْن استقلّ عن الوزارة وتحوّل إلى مؤسسة غيـر ربحيـّة و غيـر حكوميـّة مستقلّة في قراراتها. وحمل المركز منذ ذلك الوقت اســم العلّامة والشـاعر الوطنــي المقدسي خليل السكاكيني.

اسـتضاف المركز الفعاليّات الفنيّة والمعارض والمهرجانات والعـروض الأدائيّة والموسيقيّة وعـروض الأفلام والأمسيات الشـعريّة وغيرها من النشاطات، كما اهتم بشــكل أساسي بالفنون البصريّة، وبتنميــة المواهب الصاعـدة.